学校将计算机应用技术专业从仪器系分出，组建计算机科学系。

经学校同意将仪器系更名为仪器与信息工程系。同年，曾孝箴教授带领的科研组开展了滩海大地电磁测深仪研究，在国内开创了海底电磁法探查仪器研究的先河。

仪器系和计算机系组建了信息科学与技术学院，增设信息工程本科专业，同年批准建立国土资源部现代地球物理仪器开放研究实验室。

经国务院学位委员会批准建立了计算机应用技术硕士点。

测试计量技术及仪器列为国土资源部重点学科。

据国务院关于高教管理体制改革和布局结构调整的决定，经教育部批准，吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院5所高校合并组建新吉林大学。同年经国务院学位委员会批准，建立了测试计量技术及仪器博士点和检测技术与自动化装置硕士点，并增设电气工程及其自动化本科专业。

合并后的吉林大学进行院系整合，原吉林大学电子工程系、吉林工业大学的电子信息工程专业和长春科技大学的测控技术与仪器等相关专业共同组建了电子科学与工程学院。同年，测试计量技术及仪器列为吉林省重点学科。

批准建立精密仪器与机械、电力电子与电力传动两个硕士点，经学校研究批准建立吉林大学智能仪器与测控技术研究所，同年经吉林省科技厅批准建立吉林省测控仪器智能化工程技术研究中心。

经教育部批准建设地球信息探测仪器教育部重点实验室。

为加强吉林大学仪器科学与技术、电气工程等学科建设和高层次人才培养，经过学校组织的多次论证和调研，2005年4月学校批准由林君教授负责组建仪器科学与电气工程学院，学院正式挂牌成立。

经过科技部综合评审，在2002年成立的吉林省测控仪器智能化工程技术研究中心基础上，国家地球物理探测仪器工程技术研究中心正式开始组建。

由林君教授作为第一完成人的“地下水核磁共振探测与波场联合成像关键技术”获国家技术发明奖二等奖。

由林君教授作为第一完成人的“地、空协同时频电磁探地系统关键技术及应用”获国家技术发明奖二等奖。

由林君教授作为主要完成人的“航空地球物理勘查技术系统”获国家科学技术进步奖二等奖。

“仪器科学与技术”学科被列入吉林大学“地质资源与地质工程”一流学科群建设。

“仪器科学与技术”学科入选吉林省“十三五”高水平学科A类，“电气工程”学科入选吉林省优势特色学科。

“智能感知工程”本科专业作为新工科专业获批成立。

地球信息探测仪器教育部重点实验室在2020年度教育部重点实验室五年运行评估中获评为“优秀”。

林君院士团队联合湛江湾实验室及中海油湛江分公司，首次成功实施国内自主研发的海洋可控震源海上示范应用，标志着我国打破国外技术垄断，具备了自主研发海洋油气勘探设备的能力，在海洋勘探领域取得重要突破。

林君院士荣获“全国五一劳动奖章”。

林君院士荣获“全国模范教师”称号。

由仪器科学与电气工程学院林君院士指导、张刘教授团队组织研发的“吉林大学一号”卫星（吉天星A-01星）在山东海阳成功发射，标志着我院在航天领域取得了新的里程碑式的科研成果。

由林君院士牵头筹建的深部探测与成像全国重点实验室正式获批，实现我校地学部国家级重点实验室“0”的突破。